À la fin de ses études secondaires, Louis Casaubon entre au service de l'Université de Montréal (mai 1923) à titre d'aide au Secrétaire de la Société d'administration de l'établissement. Affecté par la suite au secteur de la gestion financière, il gravit progressivement les échelons de la hiérarchie: commis, adjoint puis Trésorier général de l'Université (1941). À ses responsabilités à la trésorerie, il ajoute notamment celles de trésorier de l'Institut de microbiologie et d'hygiène de l'Université et de l'Institut du Radium.

Intelligent, énergique et entièrement dévoué à "son Université" Louis Casaubon joue un rôle important à la direction de l'Université tout particulièrement au cours des années de crise financière où il était presque seul à porter le poids du jour et à ne pas désespérer de l'avenir. En 1961, il met sur pied la Direction du Service du personnel et en confie la responsabilité à Jacques Lucier. Parallèlement, il assume de 1964 à 1967 la présidence du Comité de construction.

En 1957, il apporte un appui majeur à la réalisation du projet d'acquisition d'un "calculateur électronique" pour le Centre de statistique du Département de mathématiques, geste qui a éventuellement permis à l'Université de développer tout le secteur de l'informatique. Les mérites personnels de Louis Casaubon lui ont valu quelques honneurs bien mérités tels son accession, à titre de Chevalier, à l'Ordre de Saint-Grégoire le Grand (1958) et le doctorat honorifique qui lui confère l'Université de Montréal (1971). Louis Casaubon restera dans la mémoire de l'établissement comme l'un de ses importants bâtisseurs.