Jean-Pierre Wallot amorce sa carrière à l’Université de Montréal comme chargé d’enseignement (1961-1965) et professeur adjoint (1965-1966) avant d’accéder à un poste d’historien au Musée national à Ottawa (1966-1969). Il enseigne par la suite à l’Université de Toronto (1969-1971) et à l’Université Sir George Williams (1971-1973), puis revient en 1973 à l’Université de Montréal comme professeur titulaire au Département d’histoire.

Directeur du Département d’histoire (1974-1975), puis vice-doyen à la recherche de la Faculté des arts et des sciences (1975-1982), il termine sa carrière à l’Université de Montréal comme vice-recteur aux études (1982-1985). Successeur de Maurice Séguin comme chef de file de l’école néo-nationaliste et pionnier de l’interdisciplinarité de par ses études avec l’économiste Gilles Paquet, Jean-Pierre Wallot aura participé à tous les grands débats historiographiques des années 1960 et 1970.

Débute alors pour lui une nouvelle carrière comme archiviste national du Canada qui durera 15 ans. Durant ce mandat, Jean-Pierre Wallot s’attaque à la révision de la Loi sur les archives, supervise le déménagement des fonds dans le nouveau centre des archives à Gatineau et préside, de 1992 à 1996, le Conseil international des archives. Malgré ses lourdes tâches administratives, il poursuit sans relâche ses recherches sur l’histoire de la socioéconomie québécoise.

Jean-Pierre Wallot est actuellement professeur associé aux universités de Montréal et d’Ottawa et dirige le Centre de recherche en civilisation canadienne-française de cette dernière institution. Pour la grande valeur de ses travaux scientifiques, il a été élu à la Société royale du Canada (1978) et a reçu la médaille Tyrell (1982).