À ses débuts, en 1876, l’Université de Montréal était une succursale de l’Université Laval de Québec. En effet, le 1er février 1876, le Cardinal Franchi annonçait la création d’une succursale de Laval à Montréal, et cette lettre " Inter varias sollicitudines " précisait que cette succursale aurait à sa tête un vice-recteur résident, nommé par Québec et un seul et unique conseil universitaire à Québec. Le 27 décembre 1877, Mgr Fabre annonce la formation des facultés de Théologie, de Droit, de Médecine et des Arts. Le 6 janvier 1878, a lieu l’inauguration officielle et solennelle de la succursale de Laval, au Grand Séminaire.

Non satisfait de cette situation, une longue querelle s’installe entre le clergé, Rome et les laïcs de Québec et de Montréal pour l’établissement à Montréal d’une université ayant sa propre autonomie. En 1919, après de longues discussions, Mgr Paul Bruchési, archevêque de Montréal et vice-chancelier, Mgr Georges Gauthier, pro-recteur, et le Chanoine Émile Chartier, secrétaire, tous les trois portés par l’opinion publique et convaincus que le moment d’émancipation était arrivé, munis d’ailleurs du consentement du cardinal-chancelier de l’Université de Québec, obtinrent de Rome l’autonomie complète de l’Université Laval de Montréal. Un rescrit de Sa Sainteté Benoît XV, daté du 8 mai 1919, déclarait la chose faite. Moins d’un an plus tard, le 14 février 1920, l’assemblée législative du Québec adoptait la Loi constituant en Corporation l’Université de Montréal. C’était la première charte officielle.