Le Pavillon principal, en partie complété en 1942, est inauguré officiellement le 3 juin 1943 en présence du recteur Olivier Maurault. On assiste à la création ou à l’intégration de nouvelles unités d’enseignement et de recherche : Institut d’études médiévales et Institut de psychologie en 1942, Institut de médecine et de chirurgie expérimentale d’Hans Selye en 1945, etc. Une campagne de souscription est lancée en 1947. Elle permet de recueillir 13 millions de dollars,soit deux millions de plus que l’objectif initial.