L’ouverture de l’Université Laval à Montréal en 1878 n’apaise pas vraiment les membres de la communauté montréalaise qui désirent toujours une université francophone autonome et indépendante. Une série de démarches et de contre-démarches s’enclenchent, débouchant en 1889 sur l’obtention de premiers éléments d’autonomie. La Constitution Jamdudum publiée le 2 février 1889, tout en réaffirmant la suprématie de l’Université Laval, définit la succursale montréalaise comme un autre siège de l’Université dépendant en principe du Conseil universitaire, mais jouissant d’une certaine autonomie pour son administration intérieure. Cette autonomie se caractérise par le statut de vice-chancelier donné à l’évêque de Montréal et par le pouvoir de Montréal de désigner les professeurs et les doyens des facultés. De plus, le vice-recteur à Montréal ne sera plus nommé par le Conseil universitaire de l’Université Laval mais par les évêques de la province ecclésiastique de Montréal.