Le changement le plus important est toutefois celui de la vision du monde qui, comme ailleurs, s’opère à l’Université. Les professeurs, plus nombreux eux aussi, réclament une part active dans la gestion universitaire. Ils veulent que la recherche devienne un pôle de développement de l’établissement. Les étudiants exigent d’être directement impliqués dans l’administration. Le statut confessionnel de l’Université est de plus en plus contesté. Dans ce contexte, la charte de 1950, qui maintient une structure administrative non participative toujours sous l’autorité de l’archevêque de Montréal, est vue comme un frein au progrès.
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Des changements s’amorcent en 1961, lorsque Lucien Piché devient, avec l’accord de Rome, le premier vice-recteur laïque de l’histoire de l’Université. Mais c’est en 1965, avec la nomination de Roger Gaudry comme premier recteur laïque, que l’Université entre dans la modernité. Professeur et chercheur reconnu mondialement, il réorganise l’administration et la structure facultaire et oriente la mission universitaire vers les études supérieures et la recherche. Le Pavillon Principal a reçu officiellement le nom de Pavillon Roger-Gaudry le 10 décembre 2003, en son honneur.
