Dès 1851, Ignace Bourget, alors évêque de Montréal, propose la création d’une université catholique pour toute l’Amérique britannique. En 1852, après l’octroi par la reine Victoria d’une charte constituant l’Université Laval, Mgr Bourget met de l’avant l’idée de l’érection à Montréal d’une université distincte et indépendante. Après des années de discussions, de débats, de controverses et de démarches diverses auprès du Saint-Siège dont deux voyages de l’évêque de Montréal au Vatican, la Sacré Congrégation de la Propagande, à Rome, tranche. Dans une lettre 
du 9 mars 1876 à l’archevêque de Québec, le cardinal Alexandre Franchi, porte-parole du Saint-Siège, tout en reconnaissant la justesse des arguments avancés par les Montréalais, affirme :
"Il ne se présente pas d’autre expédient que celui d’établir à Montréal une succursale de l’Université Laval".
Le pape Pie IX ayant entériné cette décision, les partisans d’une université montréalaise autonome s’inclinent temporairement. L’évêque de Montréal, Monseigneur Bourget, quant à lui, démissionne. L’ouverture de la succursale sera retardée pour diverses raisons liées à des difficultés d’organisation : harmonisation des cours entre l’Université Laval et la succursale montréalaise, intégration des écoles de droit et de médecine déjà existantes, règlement de la représentation des Montréalais au sein du Conseil universitaire, etc.
