L’Université de Montréal se compose à l’époque d’anciennes facultés, soit théologie, droit et médecine; d’écoles préexistantes à la nouvelle corporation, soit médecine comparée (médecine vétérinaire), chirurgie dentaire et pharmacie qui avec les années obtiendront le statut de faculté; ainsi que de nouvelles facultés, soit philosophie, lettres et sciences. Ces facultés et écoles sont dites fusionnées. À ces composantes internes s’ajoutent des écoles affiliées : l’École Polytechnique, l’Institut agricole d’Oka et l’École des Hautes Études Commerciales.
L’administration du nouvel établissement est à la fois cléricale et laïque. Certaines fonctions sont réservées à des ecclésiastiques : le chancelier (l’archevêque de Montréal), le recteur, le vice-recteur. D’autres sont dévolues à des laïcs : le président de l’Université (titre honorifique), le président de la Commission d’administration et le secrétaire général.
Malgré l’obtention de la charte civile, il faudra attendre jusqu’au 30 octobre 1927 pour que soit promulguée la bulle papale Christiani orbis , qui proclame l’absolue et parfaite autonomie ou indépendance de l’Université de Montréal.